cellSens軟件包
cellSens Entry
cellSens Entry是初次進行數(shù)字圖像采集和文件記錄的研究人員的理想選擇。奧林巴斯的cellSens Entry通過**的定制化界面對相機進行控制,確保了每一位用戶都可以使用自己的設(shè)置采集到想要的圖像。
cellSens Standard
奧林巴斯cellSens Standard是基于cellSens Entry的升級軟件包,圖像采集不限于單一圖像,同時具有高級圖像采集處理能力 (比如延時處理) ,并可以控制電動和編碼顯微鏡組件。測量功能也得到擴展,具有多種形態(tài)參數(shù),以及交互功能且不會影響已測量過的圖像即可自由編輯測量目標(biāo):僅需要單擊即可將所有結(jié)果導(dǎo)出到Microsoft Excel。cellSens Standard采用了可以增加更多的“Solutions”以增加更多的功能,因此具有可擴展性。全景成像和景深擴展使顯微鏡不再受到其光學(xué)成像的限制,而NetCam功能使該設(shè)備能夠方便而自由地通過局域網(wǎng)或互聯(lián)網(wǎng)投射實時圖像,用于協(xié)作和教學(xué)目的。
cellSens Dimension
奧林巴斯cellSens系列產(chǎn)品中*的成員是cellSens Dimension,它具有一種**而突出的性能,即新的圖形化實驗管理系統(tǒng)。不用花費時間培訓(xùn),初學(xué)者僅需點擊幾次鼠標(biāo),“制定”出實驗計劃,即可完成對復(fù)雜研究的成像以及穩(wěn)定的控制。以自動循環(huán)、用戶交互和的硬件控制來完成復(fù)雜的實驗,并從一次實驗中自動產(chǎn)生多個結(jié)果。cellSens Dimension進一步以cellSens standard的功能為基礎(chǔ)做了升級,提供包括Z-序列采集、 自動對焦和實時圖像的去模糊等功能。除了能夠控制第三方相機和光源外,還可以使用高級分析工具快速處理采集到的數(shù)據(jù),然后輕松地發(fā)送到可定制的報告中,使報告編輯人可以很容易地直接使用Microsoft Word進行編輯。此外,還具有被稱為“Solutions”的選配擴展插件,以實現(xiàn)一些高級或其他特定的功能。
cellSens Dimension Desktop
離線處理和分析??蓪⑷魏斡嬎銠C變?yōu)橐粋€處理和分析工作站。離線軟件包不包括顯微鏡成像系統(tǒng),僅用來實現(xiàn)圖像處理和分析。
直觀操作進行高級的圖像采集
圖形化試驗管理器(GEM)
與常見的面板式復(fù)雜界面不同的是,圖形化試驗管理器(GEM)采用靈活的拖放式界面在cellSens工作區(qū)構(gòu)建簡單或復(fù)雜的試驗。 用于發(fā)出特定命令以及確定自動化和成像優(yōu)先次序的動作整合在專用框架內(nèi)部。 可在一個或多個試樣位置輕松獲得多通道成像、Z軸疊加成像、或延時掃描取圖。 利用cellSens設(shè)備解決方案,圖形化試驗管理器(GEM)?éò?通過同時控制兩個相機或者圖像分屏器實現(xiàn)雙通道同時成像。 圖形化試驗管理器(GEM)可容許使用者在自動化過程中與系統(tǒng)交互動作,從而應(yīng)對試樣所發(fā)生的不可預(yù)見變化,由此節(jié)約了時間,并避免重復(fù)工作。
多維成像
與電動顯微鏡組合使用時,進程管理系統(tǒng)很方便的采集多色和多維圖像。使用選配的多位點解決方案還可以自動采集多點和大視野圖像。
多孔板導(dǎo)航器
多孔板導(dǎo)航器可自動掃描并采集標(biāo)準(zhǔn)及定制孔板格式的圖像。 所有采集到的圖像、試樣位置、以及使用者備注均可保存在結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)庫內(nèi),供快速集中訪問使用。 簡單的點擊動作即可移動到任一孔的中心。 可按行或列單獨選定孔,也可按不連續(xù)的分組選擇。 一步操作即可將多維采集設(shè)置應(yīng)用到單孔或多個選定孔上。 此外,多孔板導(dǎo)航器可容許在單孔板內(nèi)進行多個試驗,為更為復(fù)雜的試驗提供支持。
全景成像
手動多圖像拼接功能可以實時創(chuàng)建全景圖像。 采用cellSens Dimension和選配的多位點解決方案也可以自動操作電動載物臺進行大視野成像。此功能還可以與電動z軸對焦組合使用,圖像采集時,自動校正樣本扭曲和傾斜。
景深擴展成像
用戶通過樣本緩慢對焦時記錄下圖像數(shù)據(jù),EFI功能*能自動創(chuàng)建一個全景對焦圖像。如果使用了電動對焦顯微鏡,則可以自動實現(xiàn)EFI處理。此類EFI功能,作為采集處理的一部分,或通過組合以前采集的多個Z-序列圖像來創(chuàng)建。
* 此功能需要 “Dimension”版本或帶“手動處理”解決方案的“standard”軟件包。
復(fù)雜的圖像處理
光譜拆分
cellSens Dimension中使用了線性分離算法,可以隨時分離重疊在發(fā)射光譜里的熒光物質(zhì)—比如GFP和 YFP — ,以產(chǎn)生無串色的熒光圖像。這種線性分離工具也可以分離與自發(fā)熒光相關(guān)的背景。
反卷積
cellSens Dimension包括用于實時預(yù)覽和采集的實時2D去模糊功能,能夠?qū)駱?biāo)本進行更好的對焦。此外,cellSens里具有更*的3D反卷積技術(shù),重 新處理焦外信號。選配的CI反卷積解決方案使用了*新的限制迭代算法,以行業(yè)*的技術(shù)改善了分辨率、對比度和動態(tài)范圍。
細胞系:人類宮頸癌細胞系HeLa細胞
免疫熒光染色:Hec1染色(綠色,Alexa- 488),a-微管蛋白染色(紅色,Alexa- 568),DAPI染色(藍色)
來源于人類宮頸癌的有絲分裂HeLa細胞。有絲分裂紡錘體與著絲粒分別用anti-a-tubulin(紅色)和anti-Hec1(綠色)抗體染色。通過著絲粒,染色體與微管相互作用構(gòu)成有絲分裂紡錘體,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)裝配在染色體的著絲粒區(qū)域。
圖像數(shù)據(jù)由日本東北大學(xué)癌癥發(fā)展研究所,分子腫瘤學(xué)系的Masanori Ikeda和Kozo Tanaka提供。
*佳焦點提取
從圖像中提取*佳焦點,包括Z-序列延時圖像。即使在眾多離焦延時圖像中,此功能也能以可能的*佳焦平面創(chuàng)建T-系列圖像。
高動態(tài)范圍 (HDR) 成像
HDR功能以不同的曝光時間自動采集多個圖像,通過這種方法創(chuàng)建具有更高的動態(tài)范圍圖像,這種圖像可清晰地顯示低強度信號,又不會過度曝光樣本的明亮區(qū)域
相機和設(shè)備解決方案
用于cellSens Dimension的相機解決方案
為滿足高級研究人員的需求,相機解決方案允許cellSens Dimension配置一些*新的EM-CCD相機。相機控制面板增加一些其它的控制,允許在常規(guī)的cellSens界面中輕松地使用相機。
用于cellSens Dimension的設(shè)備解決方案
設(shè)備解決方案允許cellSens使用一些高級設(shè)備,比如影像分割器和量壓電動Z軸設(shè)備,從而極大地提高*大采集速度。該解決方案可以控制Yokogawa CSU-X1轉(zhuǎn)盤共聚焦設(shè)備,允許cellSens用戶實時追蹤活樣本快速動態(tài)的活動,并采用奧林巴斯實時控制器獲取可靠的結(jié)果。
多樣的分析方法和宏工具
用于測量和分類的自動目標(biāo)識別
采用計數(shù)和測量解決方案可以進一步擴展多種測量方式。cellsens軟件中廣泛的手動測量功能可進一步擴展成計數(shù)和測量方案。在交互式界面識別目標(biāo)的自動測量和分類總是與測量鏈接在一起。結(jié)果可以很方便的導(dǎo)出到Microsoft Excel中做進一步分析。
宏管理器
宏管理器用于創(chuàng)建進行諸如圖像采集和數(shù)據(jù)分析等常見自動化工作流的宏。 宏命令可同時應(yīng)用于多個圖像,并可顯著縮短完成復(fù)雜成像和圖像分析所需的時間。
圖像比較 (同步圖像窗口)
采用同步縮放和移動并排顯示圖像,進行精確比較。
手動測量
點間距離、面積、強度測量值、以及形態(tài)參數(shù)可利用cellSens測量工具進行查看。 測量數(shù)據(jù)可作為圖像層保存,并可導(dǎo)出為微軟Excel格式以及cellSens工作本格式,也可使用免費的圖像查看軟件包OlyVIA查看。
密度分析
圖形化描述根據(jù)感興趣區(qū)域(ROI) 確定的強度和比率,并調(diào)整感興趣區(qū)域(ROI)的位置,為細胞運動提供補償。 將數(shù)據(jù)直接導(dǎo)出為Excel格式 利用強度調(diào)制顯示功能(IMD)將不同的強度轉(zhuǎn)換為色調(diào)和亮度,突出顯示比率或FRET圖像經(jīng)??梢姷募毼D像結(jié)構(gòu)。 比率/FRET解決方案可用于顯示和分析實時比率成像和數(shù)據(jù)。 該人性化工作流亦可為敏化發(fā)射和受體光漂白的FRET分析提供支持。
該照片操作解決方案可用于FRAP圖像的曲線擬合分析。
細胞融合測量
利用相位對比圖像測量細胞數(shù)量和融合。 由于一次可測量多個圖像,因而使用者可輕松平均數(shù)據(jù),并生成細胞生長曲線。
動目標(biāo)計數(shù)和分類 – 點擊計數(shù)
cellSens點擊計數(shù)功能允許研究人員進行便捷的手動細胞計數(shù)。點擊鼠標(biāo)標(biāo)記細胞或其它目標(biāo),計數(shù)并自動分配給用戶定義的目標(biāo)分類。為了完成進一步的分析或文件記錄,cellSens能夠方便地將數(shù)據(jù)導(dǎo)出到MS excel。
創(chuàng)建報告和數(shù)據(jù)庫
報告
只需簡單的拖拽操作即可使用便捷的報告工具將圖像與參數(shù)數(shù)據(jù)、測量數(shù)據(jù)和用戶定制文檔組合進報告模板里。這些Microsoft Word*報告能夠?qū)崿F(xiàn)與同事的快速而輕松的合作,以及交流結(jié)果。
* 需要Microsoft Word version 2007或后續(xù)版本
數(shù)據(jù)庫
數(shù)據(jù)庫核心解決方案允許創(chuàng)建用戶定義的數(shù)據(jù)庫,具有的訪問控制權(quán)限,可以實現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)共享。數(shù)據(jù)庫不但收集圖像,還包括所有相關(guān)的圖像參數(shù)、用戶評論和任何相關(guān)的文件,比如用于其它文件的電子表格。交互式查詢工具使其可以更容易地找到所需的數(shù)據(jù),自動預(yù)覽找到的圖像。使用數(shù)據(jù)庫客戶解決方案可以從不同的工作站便捷地查看和修改共享數(shù)據(jù)庫。
數(shù)據(jù)庫+孔導(dǎo)航器
在配合孔導(dǎo)航器解決方案使用的情況下,該數(shù)據(jù)庫解決方案利用大量數(shù)據(jù)能夠極大地提高多孔板圖像的觀察和分析效率。 通過點擊圖標(biāo)查看諸如日期、文件名稱、或孔板編號等圖像信息,可對所采集的任何一組圖像進行深入分析。 該解決方案還可通過孔板圖形用戶界面(GUI)查看所采集的圖像,并對選定圖像進行連續(xù)分析(批處理宏功能)。
可擴展性
遠程實時圖像
cellSens NetCam解決方案使用了標(biāo)準(zhǔn)的TCP/IP協(xié)議,能夠方便地用網(wǎng)絡(luò)傳送實時圖像和保存的圖像用于教學(xué)、監(jiān)視或監(jiān)督。因此,即使在實驗室以外,同事或監(jiān)督員也可以從網(wǎng)絡(luò)上的任何點進行監(jiān)視,從而提高了實驗室的效率。
解決方案
使用選配的“Solutions”可以將每個cellSens軟件包擴展到指定的應(yīng)用。
功能 | Entry | Standard | Dimension |
CI反卷積 | - | - | x |
多位點 | - | - | x |
多孔板導(dǎo)航器 | - | - | x |
計數(shù)和測量 | - | - | x |
比率 | - | - | x |
圖片處理 | - | - | x |
數(shù)據(jù)庫核心 | - | x | x |
Net Cam | - | x | x |
數(shù)據(jù)庫客戶端 | x | x | x |
多通道采集 | - | x | - |
手動進程 | - | x | - |
相機 | - | - | x |
設(shè)備 | - | - | x |
個性化和用戶界面
黑色皮膚
黑色皮膚減少了計算機顯示器產(chǎn)成的環(huán)境光,使cellSens用戶可以適應(yīng)變暗的環(huán)境;圖標(biāo)保持高反差,以便于識別和快速選擇。
可定制的窗口布局
可以安排工具和窗口,以適合正在進行的工作,優(yōu)化布局的功能。
工作流定向布局標(biāo)簽
所有常見的功能都集成在標(biāo)簽里,組合了所有相關(guān)的選項和設(shè)置。這些布局標(biāo)簽允許用戶根據(jù)特定的工作流程輕松地選擇想要功能。例如,在采集標(biāo)簽下顯示相機控制性能。切換到下一個進程標(biāo)簽時,則從視圖去掉了這些顯示。
我的功能
cellSens使用戶可以為常用的功能創(chuàng)建并保存定制的工具欄,然后保存到我的功能窗口。
技術(shù)規(guī)格
cellSens功能及選配解決方案 | Dimension版 | Standard版 | Entry版 | |
布局 | 用戶體驗定制 | ? | ? | ? |
視圖 | 多圖疊加 | ? | ? | - |
用于圖像并排比較的文件組 | ? | ? | ? | |
影像回放 | ? | ? | ? | |
平鋪視圖(單一數(shù)據(jù)中并排顯示的多圖) | ? | ? | ? | |
用于通過直角平面查看3D或延時數(shù)據(jù)的切片視圖 | ? | - | - | |
用于3D和4D數(shù)據(jù)等值和容積顯示的立體像素視圖 | ? | - | - | |
圖像采集 | 拍照/錄像 | ? | ? | ? |
設(shè)定時間間隔的延時 | ? | ? | - | |
自動多波長 | ? | 多通道采集 | - | |
Z-序列 | ? | - | - | |
多維(xyzt和波長) | ? | - | - | |
圖形化試驗管理器 | ? | - | - | |
手動輔助全景成像(手動MIA) | ? | 手動處理 | - | |
多點圖像采集和載物臺導(dǎo)航器 | 多點 | - | - | |
自動全景成像(自動MIA,需要電動載物臺) | 多點 | - | - | |
即時EFI圖像(手動或電動Z) | ? | 手動處理 | - | |
同時多色成像(需要兩個相同的攝像頭或圖像分割器) | 比率/設(shè)備 | - | - | |
實時去模糊 | ? | - | - | |
高動態(tài)范圍成像(HDRI) | ? | - | - | |
多孔培養(yǎng)皿圖像采集 | 多孔培養(yǎng)皿導(dǎo)航器 | - | - | |
多點 | ||||
圖像處理 | 幾何/組合/濾鏡處理 | ? | ? | - |
熒光光譜拆分 | ? | - | - | |
明場光譜拆分 | ? | - | - | |
去模糊(無/ *鄰近算法,Wiener濾波算法) | ? | - | - | |
2D反卷積(限制迭代反卷積) | ? | - | - | |
3D反卷積(限制迭代反卷積) | CI反卷積 | - | - | |
圖像分析 | 區(qū)域和線測量 | ? | ? | - |
相位分析 | ? | - | - | |
目標(biāo)分析和分類 | 計數(shù)和測量 | - | - | |
交互式測量 | ? | ? | ?* | |
隨時間/z變化的強度圖 | ? | - | - | |
共定位 | ? | - | - | |
在線比率和動力學(xué) | 比率/FRET | - | - | |
比值分析(離線) | ? | - | - | |
FRET分析 | 比率/FRET或設(shè)備 | - | - | |
FRAP分析 | 圖片處理或生命科學(xué)分析 | - | - | |
細胞計數(shù)和融合測量 | ? | 融合檢測器 | - | |
文件記錄和協(xié)作 | 自動生成Word報告 | ? | - | - |
顯微鏡檢查的數(shù)據(jù)庫圖像和數(shù)據(jù)管理方案 | 數(shù)據(jù)庫核心版 | 數(shù)據(jù)庫核心版 | - | |
將圖像/文件保存到數(shù)據(jù)庫,以及從數(shù)據(jù)庫調(diào)入 | 數(shù)據(jù)庫客戶版 | 數(shù)據(jù)庫客戶版 | 數(shù)據(jù)庫客戶版 | |
遠程 | 遠程實時圖像查看 | 網(wǎng)絡(luò)攝像頭 | 網(wǎng)絡(luò)攝像頭 | - |